新生婴儿从出生开始到出生后第三年期间，建立了肠道细菌和肠道微生物群。刚出生的婴儿几乎是无菌的，但不久之后，细菌开始在身体每一个部份定殖，分别是皮肤、口腔，以及最重要的胃肠道。细菌的数量和多样性会持续增加直至三岁，其微生物群的构造会跟成年人的很相似，并随着他们长大成人亦大致相同。

近年，人们对肠道细菌及婴儿微生物群的兴趣大增，更有研究表明婴儿的微生物群对健康非常重要。多样化的微生物群可帮助婴儿优化胃肠道的发育，并有助日后拥有更好的健康。